Jean-François Guay a fait ses études à l'Université McGill, au Conservatoire National de Région, Bordeaux, France, ainsi qu'à l'Université Laval. Ses principaux professeurs sont Jean-Marie Londeix, Rémi Ménard et Abe Kestenberg. Interprète recherché et pédagogue de renom, il a enrichi le répertoire par des collaborations fructueuses avec des compositeurs reconnus, entre autres Robert Lemay, Bruce Mather, Laurie Radford et Alain Perron. Il a participé à la création de plusieurs œuvres autant comme soliste que membre de diverses formations. M. Guay a enregistré cinq disques compacts sous étiquette Fidelio audio, Oratorio et SNE, tous ayant reçus d’excellentes critiques des médias canadiens.  

Il a donné de nombreux concerts et classes de maître au Brésil, au Canada, aux Etats-Unis, en France, en Italie, en Belgique, en Slovénie et en Thaïlande.  Il s'est fait entendre à titre d'interprète sur les ondes de Radio-Canada, lors d'émissions consacrées à la musique contemporaine. Il est actuellement membre du quatuor de saxophones Nelligan avec lequel il a pris part à de nombreux concerts et enregistrements. En l’an 2000, il a été président du comité organisateur du XIIe congrès mondial du saxophone à Montréal et membre du Comité international du Saxophone (CIS).

Spécialiste de la musique contemporaine, plusieurs oeuvres pour saxophone lui sont dédiées, sans toutefois renier les œuvres classiques du répertoire. De plus, Jean-François Guay joue régulièrement avec l’Orchestre Symphonique de Montréal, l'Orchestre Métropolitain, l'Orchestre Symphonique du CNA à Ottawa et L’Orchestre Symphonique de Longueuil.

M. Guay est boursier du Conseil des arts et des lettres du Québec, du Conseil des arts du Canada, du fond Musicaction, de la fondation SOCAN et est sans aucun doute un saxophoniste classique important au Canada. Il est présentement professeur de saxophone au Cégep Marie-Victorin et à l'Université de Montréal. Il a été pendant sept ans professeur de saxophone et de musique de chambre au camp musical du Domaine Forget avec M. Jean-Marie Londeix. Il est maintenant professeur/fondateur du Stage International de Saxophone au Cégep Marie-Victorin avec M. Jean-Michel Goury, professeur au Conservatoire de Boulogne-Billancourt, France. Il a aussi été président fondateur de l’Association des Saxophonistes du Québec. Depuis maintenant 15 ans, M. Guay collabore avec Yamaha Canada en tant qu’artiste/clinicien et récemment, il est devenu artiste/représentant pour les produits D'Addario.